DANIŞTAY 9. DAIRE

Danıştay 9. Daire Başkanlığı         2022/3182 E.  ,  2023/4159 K.
"İçtihat Metni"T.C.
D A N I Ş T A Y
DOKUZUNCU DAİRE
Esas No : 2022/3182
Karar No : 2023/4159

TEMYİZ EDEN (DAVALI) : ... İnşaat Makina Sanayi ve Ticaret Limited Şirketi
VEKİLİ : Av. ...

KARŞI TARAF (DAVACI) : ... İdaresi Başkanlığı-...
VEKİLİ : Av. ...

İSTEMİN KONUSU : ... Bölge İdare Mahkemesi ... Vergi Dava Dairesinin ... tarih ve E:... , K:... sayılı kararının, temyizen incelenerek bozulması istenilmektedir.

YARGILAMA SÜRECİ:
Dava konusu istem:Davacı şirket tarafından, ...-... Adi Oratlığı ile “Kuzey Marmara Otoyolu Projesi Odayeri-Paşaköy( (3.Boğaz Köprüsü dahil) Kesimi Yap-İşlet-Devret Modeli Çerçevesinde Yaptırılması İşi”ne ilişkin olarak imzalanan alt yüklenici sözleşmesine ilişkin olarak sözleşme bedelinin artırılmasına dair düzenlenen zeyilname nedeniyle 2016/Ocak dönemi için ödenen damga vergisinin iadesi talebiyle yapılan düzeltme şikayet başvurusunun reddine ilişkin işlemin iptali ile ödenen tutarın yasal faiziyle birlikte iadesi istemine ilişkindir.
İlk Derece Mahkemesi kararının özeti: ... Vergi Mahkemesinin ... tarih ve E:... , K:... sayılı kararıyla; 3996 sayılı Kanunun 12. maddesinde, "2. maddede belirtilen konularda ve yap-işlet-devret modeli çerçevesinde idare ile sermaye şirketi veya yabancı şirketin yapacağı bütün iş ve işlemler 1.7.1964 tarihli ve 488 sayılı Kanuna göre alınan damga vergisi ile 2.7.1964 tarihli ve 492 sayılı Kanun uyarınca alınan harçlardan muaftır." düzenlemesine yer verildiği, düzenlemede, her ne kadar "muaf" sözcüğü kullanılmışsa da, getirilen hükmün gerçekte bir istisna hükmü olduğu, dolayısıyla, bu çerçevede değerlendirilmesi gerektiği, buna göre; idarenin, sermaye şirketinin ve yabancı şirketin yapacağı bütün iş ve işlemlerin damga vergisinden müstesna tutulabilmesi için iki koşulun gerçekleşmesi gerektiği, bu koşullardan birincisinin; yapılan iş veya işlemin Kanunun 2. maddesinde belirtilen konularda ve yap-işlet-devret modeli çerçevesinde gerçekleştirilmiş bulunması olduğu ki davacının yüklendiği işin bu konuda olduğuna ilişkin bir ihtilaf bulunmadığı, İkincisinin ise; iş veya işlemin taraflarından en az birinin idare, sermaye şirketi veya yabancı şirket olması gerektiği, olayda, "Kuzey Marmara (3. Boğaz Köprüsü Dahil) Otoyolu Projesi Odayeri-Paşaköy (3. Boğaz Köprüsü Dahil) Kesimi Yap-İşlet-Devret Modeli ile Yapılması, İşletilmesi ve Devri İşi"nin Ulaştırma Denizcilik ve Haberleşme Bakanlığı Karayolları Genel Müdürlüğünce (idare), ... - ... 3. Boğaz Köprüsü Kuzey Marmara Otoyolu Yatırım ve İşletme A.Ş. (sermaye şirketi) tarafından üstlenildiği ve uygulama sözleşmesinin imzalandığı, bu kapsamda ... - ... 3. Boğaz Köprüsü Kuzey Marmara Otoyolu Yatırım ve İşletme A.Ş. ile ... - ... Adi Ortaklığı (yüklenici) arasında ana sözleşmenin imzalandığı, ... - ... Adi Ortaklığı tarafından 01.03.2014 tarihli "Agrega ve Konkase Malzeme Temin İşleri" sözleşmesiyle bu işin davacıya taşere edildiği anlaşıldığından, sermaye şirketi veya yabancı şirketin yap-işlet-devret modeli çerçevesinde görevlendirilmesinden sonra bu şirketlerin gerek işin yapımı, gerek işletimi, gerekse devriyle ilgili düzenleyecekleri sözleşmeler nedeniyle damga vergisinden muaf olduğu, ancak alt yüklenicilerin de yüklendikleri işin bir kısmı veya tamamını taşere etmeleri halinde, alt yüklenici ile onun alt yüklenicisi arasında düzenlenen sözleşmenin muafiyet kapsamında değerlendirilemeyeceği, bu kapsamda söz konusu işin alt yüklenicisi olan ... - ... Adi Ortaklığı ile davacı arasında imzalanan "Agrega ve Konkase Malzeme Temin İşleri" sözlemesine ilişkin düzenlenen 10.11.2016 ile 20.11.2016 tarihli zeyilnamelerin damga vergisinden muaf olmadığı sonucuna ulaşıldığı, bu durumda, ... - ... Adi Ortaklığı ve davacı arasında imzalanan sözleşmeye ilişkin düzenlenen zeyilnameler ilgili Kanunda öngörülen muafiyet kapsamında olmadığından, vergiden muaf tutulmayan taraflar arasında imzalanan sözleşmeye ilişkin düzenlenen zeyilnameler nedeniyle kesilen damga vergilerinin iadesi istemiyle yapılan düzeltme-şikayet başvurusunun reddine dair dava konusu işlemde hukuka aykırılık bulunmadığı gerekçesiyle davanın reddine karar verilmiştir.
Bölge İdare Mahkemesi kararının özeti:3996 sayılı Kanunun 12. maddesinde, "2. maddede belirtilen konularda ve yap-işlet-devret modeli çerçevesinde idare ile sermaye şirketi veya yabancı şirketin yapacağı bütün iş ve işlemler 1.7.1964 tarihli ve 488 sayılı Kanuna göre alınan damga vergisi ile 2.7.1964 tarihli ve 492 sayılı Kanun uyarınca alınan harçlardan muaftır." düzenlemesi yer aldığı, düzenlemede, her ne kadar "muaf" sözcüğü kullanılmışsa da, getirilen hüküm gerçekte bir istisna hükmü olduğu, dolayısıyla, bu çerçevede değerlendirilmesi gerektiği, buna göre; idarenin, sermaye şirketinin ve yabancı şirketin yapacağı bütün iş ve işlemlerin damga vergisinden müstesna tutulabilmesi için iki koşulun gerçekleşmesi gerektiği, bu koşullardan ilki; yapılan iş veya işlemin Kanunun 2. maddesinde belirtilen konularda ve yap-işlet-devret modeli çerçevesinde gerçekleştirilmiş bulunması olduğu, ikincisi ise, iş veya işlemin, idare ile sermaye şirketi veya idare ile yabancı şirket arasında yapılması; yani iki taraflı ve taraflarından birinin de mutlaka "idare" olması gerektiği, başka anlatımla, sermaye şirketi veya yabancı şirketin tek başına veya bir başka şirketle yapacağı iş ve işlemler istisna kapsamında olmadığı, esasen; dava konusu işlemin de, bu gerekçe ile tesis edildiği, düzenlemeye bu anlamı veren "idare" sözcüğünden sonra kullanılan "ile" bağlacı ve bu bağlacı izleyen "sermaye şirketi" sözcüklerinden sonra yer alan "veya" bağlacı olduğu, ilk bağlaç, iş ve işlemlerin idare ile sermaye şirketi tarafından birlikte yapılması gerektiği anlamını vermekte olduğu, ikinci bağlaç ise, sermaye şirketi yerine yabancı şirketin geçebileceğini ortaya koymakta olduğu, o halde, bir iş ve işlemin bu maddeye göre damga vergisinden müstesna olabilmesi, ilk koşul yanında, idare ile sermaye şirketi veya idare ile yabancı şirket arasında yapılmış bulunmasına bağlı olduğu, bu durumda; ... - ... Adi Ortaklığı ve davacı arasında imzalanan sözleşmeye ilişkin düzenlenen zeyilname ilgili 3996 sayılı Kanun uyarınca istisna tanınmasına olanak bulunmadığından, davanın reddine ilişkin istinafa konu Mahkeme kararında hukuka aykırılık görülmediği, bu nedenlerle; Vergi mahkemesi kararına yönelik istinaf başvurusunun açıklanan bu gerekçe de eklenmek suretiyle reddine karar verilmiştir.
TEMYİZ EDENİN İDDİALARI: Olayda,vergi hatası bulunduğu,Kuzey Marmara Otoyolu Projesi Odayeri-Paşaköy( (3.Boğaz Köprüsü dahil) Kesimi Yap-İşlet-Devret Modeli Çerçevesinde Yaptırılması işine ilişkin uygulama sözleşmesinin Karayolları Genel Müdürlüğü ile ... -... 3.Boğaz Köprüsü ve Kuzey Marmara Otoyolu Yatırım ve İşletme A.Ş. arasında imzalandığı, projenin yapımına ilişkin olarak ... -... 3.Boğaz Köprüsü ve Kuzey Marmara Otoyolu Yatırım ve İşletme A.Ş ile ...-... Adi Ortaklığı arasında ana sözleşmenin imzalandığı,Kuzey Marmara Otoyolu Projesi Odayeri-Paşaköy( (3.Boğaz Köprüsü dahil) Kesimi Yap-İşlet-Devret Modeli Çerçevesinde Yaptırılması işine olarak CA İÇTAŞ... Adi Ortaklığı ile alt yüklenici sözleşmesinin düzenlendiği, alt yüklenici sözleşmesine ilişkin olarak taraflar arasında düzenlenen akitlerin 3996 sayılı Kanunun kapsamında damga vergisinden istisna olduğu iddialarıyla kararın bozulması istenilmektedir.

KARŞI TARAFIN SAVUNMASI: Savunma verilmemiştir.

DANIŞTAY TETKİK HÂKİMİ ... 'IN DÜŞÜNCESİ: 213 sayılı Kanunun 3/A maddesi ile 3996 sayılı Kanunun 2,3,4 ve 12.maddeleri ve 2011/1807 sayılı Bakanlar Kurulu kararının 2,4,5,7,16 ila 19,35 ve 47.maddeleri hükümlerinin 3996 sayılı Kanunun 12. maddesinde yer alan, ...idare ile sermaye şirketi veya yabancı şirketin..., ibaresinde bulunan "ile" gramer görevli kelimenin, bulunduğu yer itibariyle sıralama işleviyle kullanıldığı hususu dikkate alınarak değerlendirilmesinden, yap-işlet-devret modeli çerçevesinde gerçekleştirilecek yatırım ve hizmetlerin, sermaye şirketleri veya yabancı şirketler eli ile gerçekleştirileceği,yatırım ve hizmetleri yap-işlet-devret modeli çerçevesinde yaptırmak isteyen idareler ile ihaleyi kazanan sermaye şirketi veya ortak girişim arasında sözleşme yapılacağı, görevlendirilen isteklilerin ihaleyi kazanmalarına müteakip faaliyet konusu projenin yapımı ve işletilmesi olan anonim şirket statüsünde sermaye şirketi kurulacağı, kurulan şirketin yap işlet devret sözleşmesinin nihai tarafı haline geleceği, projenin yapım finansmanının ihaleyi kazanan sermaye şirketleri veya ortak girişimler tarafından sağlanacağı, uygulama sözleşmelerinin yürürlüğe girmesinin sözleşmede yer alan diğer tüm sözleşmelerin imzalanması ile mümkün olduğu, yatırım ve hizmetleri yap-işlet-devret modeli çerçevesinde yaptırmak isteyen idare ile sermaye şirketi/yabancı şirketin veya görevli şirketin bu yatırım ve hizmetler konusunda münferiden yapacağı bütün iş ve işlemlerin damga vergisinden istisna olduğu anlaşılmaktadır. Olayda, Kuzey Marmara Otoyolu Projesi Odayeri-Paşaköy( (3.Boğaz Köprüsü dahil) Kesimi Yap-İşlet-Devret Modeli Çerçevesinde Yaptırılması işinin ortak girişime ihale edildiği, ortak girişimin görevlendirilmesini müteakip projenin yapımı ve işletilmesi gayesiyle ... -... 3.Boğaz Köprüsü ve Kuzey Marmara Otoyolu Yatırım ve İşletme A.Ş.'nin kurulduğu, Karayolları Genel Müdürlüğü ile ... -... 3.Boğaz Köprüsü ve Kuzey Marmara Otoyolu Yatırım ve İşletme A.Ş arasında uygulama sözleşmesinin imzalandığı, ortak girişim tarafından kurulan ...-... Adi Ortaklığı ile ... -... 3.Boğaz Köprüsü ve Kuzey Marmara Otoyolu Yatırım ve İşletme A.Ş arasında imzalanan sözleşmeyle projenin yapımının ...-... Adi Ortaklığı tarafından üstlenildiği, davacı şirket ile ...-... Adi Ortaklığı arasında imzalanan alt yüklenici sözleşmesine konu işlerin de davacı şirket tarafından üstlenildiği,...-... Adi Ortaklığı'nın tüzel kişiliğinin bulunmadığı, iş bu alt yüklenici sözleşmesinde taraf sıfatının, projenin yapım finansmanını üstlenen ortak girişimin üyesi sermaye şirketlerine ait olduğu görüldüğünden, alt yüklenici sözleşmesi kapsamında düzenlenen zeyilnamenin damga vergisi istisnası kapsamında olduğu, dolayısıyla dava konusu işlemde hukuka uyarlık bulunmadığı anlaşıldığından, temyiz isteminin kabulü ile Bölge İdare Mahkemesi kararının bozulması gerektiği düşünülmektedir.

TÜRK MİLLETİ ADINA
Karar veren Danıştay Dokuzuncu Dairesince, Tetkik Hâkiminin açıklamaları dinlendikten ve dosyadaki belgeler incelendikten sonra gereği görüşüldü:

İNCELEME VE GEREKÇE:
MADDİ OLAY:Davacı şirket tarafından, ...-... Adi Oratlığı ile “Kuzey Marmara Otoyolu Projesi Odayeri-Paşaköy( (3.Boğaz Köprüsü dahil) Kesimi Yap-İşlet-Devret Modeli Çerçevesinde Yaptırılması İşi”ne ilişkin olarak imzalanan alt yüklenici sözleşmesine ilişkin olarak sözleşme bedelinin artırılmasına dair düzenlenen zeyilname nedeniyle 2016/Ocak dönemi için ödenen damga vergisinin iadesi talebiyle yapılan düzeltme şikayet başvurusunun reddine ilişkin işleminin iptali ile ödenen tutarın yasal faiziyle birlikte iadesi istenilmektedir.

İLGİLİ MEVZUAT:3996 sayılı Kanunun; 1. maddesinde, bu kanunun amacının kamu kurum ve kuruluşlarınca (kamu iktisadi teşebbüsleri dahil) ifa edilen, ileri teknoloji veya yüksek maddi kaynak gerektiren bazı yatırım ve hizmetlerin,yap-işlet-devret modeli çerçevesinde yaptırılmasını sağlamak olduğu belirtilmiş, 2/1.maddesinde, bu kanunun, köprü, tünel,baraj,sulama,içme ve kullanma suyu,arıtma tesisi, kanalizasyon, haberleşme, kongre merkezi, kültür ve turizm yatırımları, ticari bina ve tesisler, spor tesisleri, yurtlar, tema parklar, balıkçı barınakları, silo ve depo tesisleri, jeotermal ve atık ısıya dayalı tesisler ve ısıtma sistemleri, elektrik üretim, iletim, dağıtım ve ticareti maden ve işletmeleri, fabrika ve benzeri tesisler, çevre kirliliğini önleyici yatırımlar,otoyol, trafiği yoğun karayolu, demiryolu ve raylı sistemler, gar kompleksi ve istasyonları, teleferik ve telesiyej tesisleri, lojistik merkezi, yeraltı ve yerüstü otoparkı ve sivil kullanıma yönelik deniz ve hava alanları ve limanları , yük ve/veya yolcu ve yat limanları ile kompleksleri, Kanal İstanbul ve benzeri su yolu projeleri, sınır kapıları ve gümrük tesisleri, milli park (özel kanunu olan hariç), tabiat parkı, tabiatı koruma alanı ve yaban hayatı koruma ve geliştirme sahalarında planlarda öngörülen yapı ve tesisleri, toptancı halleri ve benzeri yatırım ve hizmetlerin yaptırılması, işletilmesi ve devredilmesi konularında, yap-işlet-devret modeli çerçevesinde sermaye şirketlerinin veya yabancı şirketlerin görevlendirilmesine ilişkin usul ve esasları kapsadığı belirtilmiş, tanımlar başlıklı 3/a maddesinde yap-işlet-devret modelinin ileri teknoloji veya yüksek maddi kaynak ihtiyacı duyulan projelerin gerçekleştirilmesinde kullanılmak üzere geliştirilen özel bir finansman modeli olup, yatırım bedelinin (elde edilecek kar dahil) sermaye şirketine veya yabancı şirkete, şirketin işletme süresi içerisinde ürettiği mal veya hizmetin idare veya hizmetten yararlananlarca satın alınması suretiyle ödenmesini; olay tarihinde yürürlükte bulunan 3/b maddesinde, sermaye şirketinin, Türkiye Cumhuriyeti kanunlarına göre kurulmuş veya kurulacak olan ve gerektiğinde kamu kurum ve kuruluşlarının da (kamu iktisadi teşebbüsleri dahil) ortak olduğu ve bu Kanunun 4. maddesinde belirtilen Bakanlar Kurulu kararında öngörülen şartları taşıyan anonim şirketi; 3/c maddesinde, yabancı şirketin, 6224 sayılı Yabancı Sermayeyi Teşvik Kanunu hükümleri uyarınca Türkiye’de faaliyette bulunmasına izin verilen kuruluşu, 3/d maddesinde, idarenin, Yüksek Planlama Kurulunca bu Kanunda öngörülen yatırım ve hizmetleri yap-işlet-devret modeli çerçevesinde yaptırmak üzere sermaye şirketi veya yabancı şirket ile sözleşme yapmaya yetkili kılınan ve hizmetin asli sahibi olan kurum ve kuruluşlarını (kamu iktisadi teşebbüsleri ve fonları dahil); ifade ettiği belirtilmiştir. Olay tarihinde yürürlükte bulunan yetki başlıklı 4.maddesinde, bu Kanunun 2. maddesinde öngörülen yatırım ve hizmetlerin yap-işlet-devret modeli çerçevesinde sermaye şirketleri veya yabancı şirketler eli ile gerçekleştirilmesindeki usul ve esaslar, bu şirketlerde aranılacak özellikler, sözleşmelerin kapsamı, yatırım sonucu oluşacak mal ve hizmetlerin ücretinin belirlenmesine uygulanacak kriterler ve konuya ilişkin diğer ilkelere yer verilmek suretiyle Maliye, Bayındırlık ve İskan, Ulaştırma, Enerji ve Tabii Kaynaklar Bakanlıkları, Devlet Planlama Teşkilatı müsteşarlığı, Hazine müsteşarlığı ve Dış Ticaret müsteşarlığınca müştereken hazırlanarak Bakanlar Kurulu Kararı ile yürürlüğe konulacağı, bu kanunda öngörülen yatırım ve hizmetleri yap-işlet-devret modeline göre yaptırmak isteyen idare, projeye ilişkin ön yapılabilirlik etüdüyle Yüksek Planlama Kuruluna müracaat edeceği ve Yüksek Planlama Kurulu tarafından söz konusu yatırım ve hizmetleri gerçekleştirmek için yetkilendirilebileceği, bu kanun kapsamında yap-işlet-devret modeli çerçevesinde gerçekleştirilecek yatırım ve hizmetlere ilişkin uygulama sözleşmelerinin yetkili idarelerin bağlı, ilgili veya ilişkili olduğu Bakanın onayı alınarak sermaye şirketi veya yabancı şirket ile imzalanacağı, muafiyetler başlıklı 12.maddesinde ise, 2. maddede belirtilen konularda ve yap-işlet-devret modeli çerçevesinde idare ile sermaye şirketi veya yabancı şirketin yapacağı bütün iş ve işlemler 488 sayılı Kanuna göre alınan damga vergisi ile 492 sayılı Kanun uyarınca alınan harçlardan muaf olduğu belirtilmiştir.
11 Haziran 2011 tarih ve 27961 (Mükerrer) Resmî Gazete yayınlanan 3996 sayılı Bazı Yatırım ve Hizmetlerin yap-işlet-devret modeli Çerçevesinde Yaptırılması Hakkında Kanunun Uygulama Usul ve Esaslarına İlişkin Bakanlar Kurulu Kararının 4/d maddesinde görevlendirmenin, bu kararda yazılı usul ve esaslar dahilinde, istekliler arasından birisine işin verildiğini gösteren ve yetkili mercilerin onayı ile tamamlanan işlemleri; 4/e maddesinde, görevli şirketin, bu karar kapsamında kendisine görev verilen isteklinin katılımı ile Türkiye Cumhuriyeti kanunlarına göre kurulan ve kamu iktisadi teşebbüsleri dahil kamu kurum ve kuruluşlarının da ortak olabildiği, bu kararın öngördüğü şartları taşıyan anonim şirketi; 4/g maddesinde, idarenin, Yüksek Planlama kurulunca Kanunda öngörülen yatırım ve hizmetleri yap-işlet-devret modeli çerçevesinde yaptırmak üzere görevli şirket ile sözleşme yapmaya yetkili kıllanan ve hizmetin asli sahibi olan bakanlık veya kamu iktisadi teşebbüsleri ve fonlar dahil olmak üzere kamu kurum ve kuruluşlarını; 4/ğ maddesinde, isteklinin, bu karar kapsamında göreve talip olan sermaye şirketleri veya aralarında oluşturdukları ortak girişimleri; 4/n maddesinde, uygulama sözleşmesinin, yatırım ve hizmetlerin gerçekleştirilmesiyle ilgili olarak, idare ile görevli şirket veya sermaye şirketi arasında özel hukuk hükümlerine göre akdedilen sözleşmeyi; 4/k maddesinde, sermaye şirketinin, Türkiye Cumhuriyeti Kanunlarına göre kurulmuş veya kurulacak olan ve kamu iktisadi teşebbüsleri dahil kamu kurum ve kuruluşlarının da ortak olabildiği, bu kararın öngördüğü diğer şartları taşıyan anonim şirket veya 5/06/2003 tarihli ve 4875 sayılı Doğrudan Yabancı Yatırımlar Kanunu hükümlerine göre Türkiye'de faaliyette bulunan kuruluşu; ifade ettiği belirtilmiştir. Aynı kararın 5/3. maddesinde, bu karar kapsamında yap-işlet-devret modeli ile gerçekleştirilecek yatırım ve hizmetlere ilişkin uygulama sözleşmeleri bakanını onayı alınarak görevli şirket veya sermaye şirketi ile imzalanacağı belirtilmiş, 17/1.maddesinde, görevlendirme kararı verilen isteklinin görevlendirilmesini müteakip her YİD projesi için ayrı bir şirket kurulur, bu şirketin ana sözleşmesinde YİD projesi, faaliyet konusu olarak belirteceği ifade edilmiş, 19/1.maddesinde sözleşmede tarafların, uygulama sözleşmesini imzalayan idare ile sermaye şirketi veya görevli şirket olduğu, muafiyetler başlıklı 47/1.maddesinde, kanuna göre yap-işlet-devret modeli çerçevesinde gerçekleştirilen yatırımlarla ilgili olarak, idare ile sermaye şirketi veya görevli şirket tarafından yapılan bütün iş ve işlemlerin 488 sayılı Damga Vergisi Kanununa göre alınan damga vergisi ve 492 sayılı Harçlar Kanunu uyarınca alınan harçlardan muaf olduğu, 47/2-ç maddesinde ise birinci fıkrada belirtilen iş ve işlemler kapsamında yatırım döneminde kullanılmak üzere görevli şirket tarafından yatırım kredisi temini ile mal ve hizmet alımları, ile ilgili işlemler ve bu işlemler nedeniyle düzenlenen kağıtların damga vergisi ve harçtan istisna, olduğu belirtilmiştir.
488 sayılı Damga Vergisi Kanunu'nun 1. maddesinde; bu Kanuna ekli (1) sayılı tabloda yazılı kağıtların damga vergisine tabi tutulacağı belirtilmiş, 3. maddesinde; damga vergisi mükellefinin kağıtları imza edenlerin olacağı, resmi daireler ile kişiler arasındaki işlemlere ait kağıtların damga vergisini kişilerin ödeyeceği, Kanun'un 8. maddesinde; bu Kanunda yazılı resmi daireden maksadın, genel ve özel bütçeli idarelerle, il özel idareleri, belediyeler ve köyler olduğu, bu dairelere bağlı olup ayrı tüzel kişiliği bulunan iktisadi işletmelerin resmi daire sayılmayacağı hükmüne yer verilmiştir.
488 sayılı Kanun'un 22. Maddesinin (a) bendinde; makbuz karşılığı ödemelerde Maliye Bakanlığınca belirlenen mükellefler, kurum ve kuruluşlar tarafından bir ay içinde düzenlenen kağıtların vergisinin, ertesi ayın yirminci günü akşamına kadar vergi dairesince bir beyanname ile bildirileceği ve yirmi altıncı günü akşamına kadar ödeneceği, (b) bendinde (a)bendi dışındaki hallerde, kâğıdın düzenlendiği tarihi izleyen onbeş gün içinde vergi dairesine bir beyanname ile bildirilir ve aynı süre içinde ödeneceği, Maliye Bakanlığının, bu maddenin uygulanmasına ilişkin usul ve esasları belirlemeye yetkili olduğu, 24. maddesinin ikinci fıkrasında birden fazla kişi tarafından imza edilen kagıtlara ait vergi ve cezanın tamamından imza edenler müteselsilen sorumludurlar. Bunlar arasında vergiden müstesna olanların bulunması damga vergisinin noksan ödenmesini gerektirmez. Damga Vergisinden muaf kuruluşlarca kişilerin (1) sayılı tabloda yer alan işlemleriyle ilgili olarak düzenlenen ve sadece bu kurumların imzasını taşıyan kağıtlara ait verginin tamamı kişiler tarafından ödenir. Ancak bu kağıtlara ait verginin hiç ödenmemesi veya noksan ödenmesi halinde vergi ve cezanın tamamından kişilerle birlikte kurumlar müteselsilen sorumlu olduğu, belirtilmiştir.

HUKUKİ DEĞERLENDİRME:
Yukarıda yer alan mevzuatın değerlendirilmesinden,damga Vergisi Kanunu ekli (1) sayılı tabloda yazılı kağıtların damga vergisine tabi olduğu, kağıtlar teriminin, yazılıp imzalamak veya imza yerine geçen bir işaret konmak suretiyle düzenlenen ve herhangi bir hususu ispat veya belli etmek için ibraz edilebilecek olan belgeler ile elektronik imza kullanılmak suretiyle manyetik ortamda ve elektronik veri şeklinde oluşturulan belgeleri ifade ettiği, damga vergisinin mükellefinin kağıtları imza edenlerin olacağı, resmi daireler ile kişiler arasındaki işlemlere ait kağıtların damga vergisini kişilerin ödeyeceği, birden fazla kişi tarafından imza edilen kagıtlara ait vergi ve cezanın tamamından imza edenler müteselsilen sorumlu bulundukları, bunlar arasında vergiden müstesna olanların bulunması damga vergisinin noksan ödenmesini gerektirmediği, yap-işlet-devret modelinin ileri teknoloji veya yüksek maddi kaynak ihtiyacı duyulan projelerin gerçekleştirilmesinde kullanılmak üzere geliştirilen özel bir finansman modeli olduğu, 3996 sayılı Kanunun 2/1.maddesinde sayılı yatırım ve hizmetlerin gerçekleştirilmesinin bu model kapsamında yaptırılabileceği, isteklinin, bu karar kapsamında göreve talip olan sermaye şirketleri veya aralarında oluşturdukları ortak girişimler olduğu, uygulama sözleşmesinin, yatırım ve hizmetlerin gerçekleştirilmesiyle ilgili olarak, idare ile görevli şirket veya sermaye şirketi arasında özel hukuk hükümlerine göre akdedilen sözleşme olduğu, görevli şirketin, 2011/1807 sayılı Bakanlar Kurulu kararı kapsamında kendisine görev verilen isteklinin katılımı ile Türkiye Cumhuriyeti kanunlarına göre kurulan ve kamu iktisadi teşebbüsleri dahil kamu kurum ve kuruluşlarının da ortak olabildiği,bu kararın öngördüğü şartları taşıyan anonim şirket olduğu, sermaye şirketinin, Türkiye Cumhuriyeti kanunlarına göre kurulmuş veya kurulacak olan ve gerektiğinde kamu kurum ve kuruluşlarının da (kamu iktisadi teşebbüsleri dahil) ortak olduğu ve 2011/1807 sayılı Bakanlar Kurulu kararında kararında öngörülen şartları taşıyan anonim şirket olduğu, yabancı şirketin, 6224 sayılı Yabancı Sermayeyi Teşvik Kanunu hükümleri uyarınca Türkiye’de faaliyette bulunmasına izin verilen kuruluş olduğu, görevlendirme kararı verilen isteklinin görevlendirilmesini müteakip her YİD projesi için ayrı bir şirket kuracağı, bu şirketin ana sözleşmesinde YİD projesi, faaliyet konusu olarak belirteceği, yap-işlet-devret modeli ile gerçekleştirilecek yatırım ve hizmetlere ilişkin uygulama sözleşmelerinin bakanın onayı alınarak görevli şirket veya sermaye şirketi ile imzalanacağı, sözleşmede tarafların, uygulama sözleşmesini imzalayan idare ile sermaye şirketi veya görevli şirket olduğu, yap-işlet-devret modeli çerçevesinde gerçekleştirilen yatırımlarla ilgili olarak, idare ile sermaye şirketi/yabancı şirketin yapacağı bütün iş ve işlemlerin 488 sayılı Damga Vergisi Kanununa göre alınan damga vergisi ve 492 sayılı Harçlar Kanunu uyarınca alınan harçlardan muaf olduğu, bu itibarla, yap-işlet-devret modeli çerçevesinde gerçekleştirilen yatırımlarla ilgili iş ve işlemler kapsamında görevli şirket/ sermaye şirketi ile idare tarafından yapılan bütün iş ve işlemlerin , bu iş ve işlemler kapsamında görevli şirket ile idare arasında düzenlenen uygulama sözleşmesinin ve yatırım döneminde kullanılmak üzere görevli şirket tarafından yatırım kredisi temini ile mal ve hizmet alımları ile ilgili işlemler ve bu işlemler nedeniyle düzenlenen kağıtların damga vergisi ve harçtan istisna olduğu, anlaşılmaktadır.
Dosyanın incelenmesinden, “Kuzey Marmara Otoyolu Projesi Odayeri-Paşaköy( (3.Boğaz Köprüsü dahil) Kesimi Yap-İşlet-Devret Modeli Çerçevesinde Yaptırılması İşi”ne ilişkin olarak Karayolları Genel Müdürlüğü ile ...-... Adi Ortaklığı ile ... -... 3.Boğaz Köprüsü ve Kuzey Marmara Otoyolu Yatırım ve İşletme A.Ş. arasında uygulama sözleşmesi imzalandığı, projenin yapımına ilişkin olarak ... -... 3.Boğaz Köprüsü ve Kuzey Marmara Otoyolu Yatırım ve İşletme A.Ş.İle ...-... Adi Oratlığı arasında imzalanan sözleşme ile yapım işinin ...-... Adi Ortaklığı tarafından yüklenildiği, ...-... Adi Ortaklığı ile davacı şirket arasında imzalanan alt yüklenici sözleşmesi ile de sözleşmede kapsamı belirtilen işlerin yapımının davacı şirketçe üstlenildiği, davacı şirket tarafından, alt yüklenici sözleşmesine ilişkin olarak taraflar arasında düzenlenen akitlerin damga vergisinden istisna olduğu ileri sürülerek alt yüklenici sözleşmesinin bedelinin artırılmasına dair düzenlenen zeyilname nedeniyle ödenen damga vergisinin iadesi talebiyle yapılan düzeltme şikayet başvurusunun reddine ilişkin işleminin iptali ile ödenen tutarın yasal faiziyle birlikte iadesi istemiyle davanın açıldığı anlaşılmaktadır.
3996 sayılı Bazı Yatırım ve Hizmetlerin Yap-İşlet-Devret Modeli Çerçevesinde Yaptırılması Hakkından Kanun'un 12.maddesi hükmünde damga vergisinden istisna edilen iş ve işlemler arasında, bu kanunun 4.ve 8.maddelerine dayanılarak yürürlüğe konulan 2011/1807 sayılı Bakanlar Kurulu kararının 47.maddesi hükmü itibarıyla, yap-işlet-devret modeli çerçevesinde gerçekleştirilen yatırımlarla ilgili olarak idare ile sermaye şirketi veya yabancı şirketin yapacağı bütün iş ve işlemler ile bu iş ve işlemler kapsamında yatırım döneminde kullanılmak üzere görevli şirket tarafından yatırım kredisi temini ile mal ve hizmet alımları, ile ilgili işlemler ve bu işlemler nedeniyle düzenlenen kağıtların sayıldığı, görevli şirket ile idarenin taraf olmadığı iş ve işlemler ve bu işlemler nedeniyle düzenlenen kağıtların istisna kapsamında sayılmadığı, diğer bir deyişle uygulama sözleşmesinin konusu olan yatırım ve hizmetlere ilişkin projenin yapımını sermaye şirketi veya görevli şirketten yüklenen şirket ile işin belirli bir kısmının alt yüklenici tarafından yapılmasını temin eden alt yüklenici arasında imzalanan alt yüklenici sözleşmeleri damga vergisinden istisna edilen iş ve işlemler arasında sayılmamıştır.
Bu durumda, uygulama sözleşmesini imzalayan görevli şirket ... -... 3.Boğaz Köprüsü ve Kuzey Marmara Otoyolu Yatırım ve İşletme A.Ş.'nden projenin yapımını yüklenen ...-... Adi Ortaklığı ile davacı şirket arasında imzalanan alt yüklenici sözleşmesi bedelinin artırılmasına dair düzenlenen zeyilname damga vergisine tabi olduğundan ve anılan sözleşmeye 2011/1807 sayılı Bakanlar Kurulu Kararının 47/1 ile 47/2-ç maddesi ve 3996 sayılı Kanun uyarınca istisna tanınmasına olanak bulunmadığından, alt yüklenici sözleşmesi kapsamında taraflar arasında yapılan akitlerin damga vergisinden istisna olduğu ileri sürülerek ödenen damga vergisinin iadesi talebiyle yapılan düzeltme şikayet başvurusunun reddine ilişkin işleminin iptali ile ödenen tutarın yasal faiziyle birlikte iadesi istemiyle açılan davayı yukarıda yazılı gerekçeyle reddeden Vergi mahkemesi kararına karşı yapılan istinaf başvurusunu gerekçe eklemek suretiyle reddeden Bölge İdare Mahkemesi kararında sonucu itibariyle yasal isabetsizlik bulunmamaktadır.

KARAR SONUCU:
Açıklanan nedenlerle;
1.Davacının temyiz isteminin reddine,
2. ... Bölge İdare Mahkemesi ... Vergi Dava Dairesinin ... tarih ve E:... , K:... sayılı kararının yukarıda yazılı gerekçeyle ONANMASINA,
3.Temyiz isteminde bulunan davacıdan ... -TL maktu harç alınmasına,
4.2577 sayılı İdari Yargılama Usulü Kanunu'nun 50. maddesi uyarınca, onama kararının taraflara tebliğini ve bir örneğinin de ... Bölge İdare Mahkemesi ... Vergi Dava Dairesine gönderilmesini teminen dosyanın ... Vergi Mahkemesine gönderilmesine, 31/10/2023 tarihinde kesin olarak oybirliğiyle karar verildi.